Elektrifizierung auf Hochtouren: Rund 262 Kilometer Streckennetz waren inzwischen auf den modernen und umweltfreundlicheren  Betrieb umgestellt

Am 15. April 1939, wenige Monate bevor der Zweite Weltkrieg ausbrach, wurde der zweite Streckenabschnitt der Nord-Süd-S-Bahn in Betrieb genommen. Bis in den September 1943 konnten weitere neue Streckenabschnitte erschlossen werden. Doch der sich zuspitzende Krieg wirkte sich auch auf den Betrieb der S-Bahn aus: Anfang April 1945 wurde der Verkehr auf immer mehr Streckenabschnitten eingestellt. Ende April kam er vollständig zum Erliegen. Der S-Bahn-Ring war nun Frontlinie.

Mit 1140 Viertelzügen verzeichnet die S-Bahn Berlin den bislang höchsten Fahrzeugbestand und erreicht mit 737 Millionen Reisenden einen Passagierrekord.

Am 25. April kommt der S-Bahn-Betrieb durch die in Berlin stattfindenden Kampfhandlungen vollständig zum Erliegen, wegen Kohlemangels gibt es keine Stromversorgung. Bei Kriegsende sind rund 90 Prozent der Züge zerstört oder nicht betriebsfähig.

In den letzten Kriegstagen wurde die Stahlbetontunneldecke des Nord-Süd-S-Bahn-Tunnels unterhalb des Landwehrkanals gesprengt. Von wem und wieso, ist bis heute nicht abschließend geklärt. Der Tunnel wurde auf einer Länge von fast hundert Metern zerstört. Das Wasser brach ein und ergoss sich vom Anhalter Bahnhof, über Potsdamer Platz bis hin zu den Bahnhöfen Unter den Linden, Oranienburger Straße und Stettiner Bahnhof (der heutige Nordbahnhof). Am Bahnhof Friedrichstraße gelangten die Wassermassen auch in das U-Bahn-System. Nach dem Leerpumpen des Tunnels wurden zahlreiche Leichen geborgen.

Die S-Bahn begann, den ersten Streckenabschnitt zwischen Wannsee und Schöneberg wieder zu befahren, wenn auch noch unregelmäßig. Schon bald beförderten die rotgelben Züge wieder jährlich rund 420 Millionen Fahrgäste, was einem Drittel des öffentlichen Personennahverkehrs in Berlin entsprach.

Trotz der Teilung in Ost- und West-Berlin fuhr die S-Bahn weiterhin über die Sektorengrenzen.

In den späten 40er und in den 50er Jahren wurden zahlreiche Berliner S-Bahn-Strecken ausgebaut und verlängert. Den Anfang machte der Streckenabschnitt Mahlsdorf-Hoppegarten, der Bau-Boom endete 1956 mit der Verbindung von Strausberg nach Strausberg Nord.

Politiker und Gewerkschaften riefen als Reaktion zum S-Bahn-Boykott in West-Berlin auf. Betreiber der S-Bahn war damals für beide Stadthälften die im Ostteil der Stadt ansässige Deutsche Reichsbahn. Die Solidaritätsgeste sollte verhindern, dass mit dem „Westgeld“ der Fahrgeldeinnahmen der Mauerbau finanziert werden konnte. Der Boykott fand Anklang: Binnen kürzester Zeit spielte die Zahl der Fahrgäste der S-Bahn im West-Berliner Nahverkehr keine wesentliche Rolle mehr.

Während im Westen Berlins die S-Bahn an Bedeutung verlor, blieb sie im Ostteil der Stadt ein wichtiges Verkehrsmittel. Die Fahrgastzahlen erreichten 1973 mit bis 1,2 Millionen Fahrgästen zu den Zehnten Weltfestspielen einen neuen Höhepunkt.

1980 traten die West-Berliner Beschäftigten der Deutschen Reichsbahn in einen Streik. Der Grund: eine Kündigungswelle der Deutschen Reichsbahn gegen in West-Berlin ansässige Beschäftigte. Nach Streikende wurde vielen Streikteilnehmern gekündigt, andere kehrten freiwillig nicht mehr an ihren Arbeitsplatz zurück. Durch den eingetretenen Personalmangel bot die Deutsche Reichsbahn in West-Berlin nur noch einen eingeschränkten S-Bahn-Verkehr auf 73 Kilometern an. Strecken wie die Ringbahn, die Wannseebahn und die Verbindung nach Spandau wurden in einen Dornröschenschlaf geschickt.

Im Rahmen einer Vereinbarung kam es zwischen Deutscher Reichsbahn und dem Berliner Senat zur Übergabe der Betriebsrechte für die West-Berliner S-Bahn an die BVG, die am 9. Januar 1984 in Kraft trat. Zu dieser Zeit nutzten nur noch 8.000 bis 10.000 Menschen täglich die rot-gelben Züge im Westteil der Stadt.

In der Nacht vom 9. zum 10. November versetzte der Mauerfall ganz Deutschland in Euphorie. Vor allem in Berlin strömten die Menschen zu den Übergangsstellen der Grenze, wobei das Nahverkehrssystem regelrecht „überrannt“ wurde. Viele Lokführer meldeten sich freiwillig zu Zusatzdiensten und legten zahllose Überstunden ein, um die Züge die ganze Nacht fahren zu lassen.

S-Bahn-Züge fuhren ab dem 2. Juli 1990 auf der Stadtbahn wieder durch, ab dem 1. September hielten sie auch auf den unterirdischen „Geisterbahnhöfen“ der Nord-Süd-Bahn. Eine Ausnahme blieb der Potsdamer Platz, der erst ab dem 1. März 1992 wieder in Betrieb genommen wurde.

Die Berliner S-Bahn nahm gleich drei Strecken wieder in Betrieb: von Wannsee nach Potsdam Stadt, von Frohnau nach Hohen Neuendorf und von Lichtenrade nach Blankenfelde. Ein paar Jahre später konnten die Strecken Schönholz-Tegel-Hennigsdorf und Priesterweg-Lichterfelde-Süd sowie Westkreuz-Pichelsberg-Spandau reaktiviert werden.

Eine weitere Zusammenführung erfolgte mit der Fusion von Deutscher Bundesbahn und Deutscher Reichsbahn zur Deutschen Bahn AG. Mit der Gründung des neuen Unternehmens gingen die Betriebsrechte für die West-Berliner Strecken der

Die S-Bahn Berlin wurde als GmbH gegründet.

Der letzte Abschnitt der Ringbahn wurde fertiggestellt und mit einem großen Wedding Day in Wedding gefeiert. Mit der Inbetriebnahme der Strecke von Westhafen bis zur Schönhauser Allee konnte der Ring erstmals nach knapp 41 Jahren wieder komplett befahren werden.

IInnerhalb von nur rund zehn Jahren wurden viele bis zu 70 Jahre alte S-Bahn-Züge durch 500 neue Viertelzüge der Baureihe 481 ersetzt. Betrug das Durchschnittsalter 1995 noch 43 Jahre, waren es 2006 nur noch 8 Jahre. Die Anschaffung der neuen Züge der Baureihe 481 kostete rund 1,2 Milliarden Euro.

Herstellerbedingte Fahrzeugmängel und Managementfehler im Unternehmen führten die S-Bahn Berlin in eine Krise, die Leistungseinschränkungen nach sich zogen. Eine neue Geschäftsführung wurde eingesetzt, die mit zusätzlichem Personal und erweiterten Werkstattkapazitäten an der Behebung der Qualitätsmängel arbeitete. Andere Unternehmensbereiche der Deutschen Bahn unterstützten mit Personal und Sachleistungen. In den Jahren 2009, 2010 und 2011 wandte die S-Bahn Berlin über 140 Millionen Euro auf, die sie als Entschuldigungsleistung an die Fahrgäste zurückgab. Insgesamt 400 Millionen Euro wurden zusätzlich von der Deutschen Bahn in die Fahrzeugflotte investiert.

Die S-Bahn Berlin wird Teil der DB Regio AG, unter der alle S-Bahnen des Konzerns zusammen gefasst sind.

Im Jubiläumsjahr, das im Zeichen des Leitsatzes "Wir verbinden. Seit 90 Jahren." stand, startete die S-Bahn Berlin Taufaktionen, um ihre Verbundenheit mit der Region, der Bevölkerung und ihren Fahrgästen zum Ausdruck zu bringen

Vertreter von Bahn und Politik unterzeichneten den Verkehrsvertrag für das Teilnetz Ring/Südost und bestellten 382 neue S-Bahnen der Baureihe 483/484 beim Herstellerkonsortium Siemens/Stadler.

Investitionen von 900 Millionen Euro in die Zugflotte der S-Bahn Berlin nehmen „Gesicht an“: Die S-Bahn Berlin stellte im Oktober 2016 mit der Baureihe 483/484 ein echtes Highlight vor. In diesem Zeitstrahl finden sie laufend aktualisiert News zur neuen Baureihe.

Ab dem 01. Januar wurden die zehn Vorserienfahrzeuge im regulären Fahrgastbetrieb auf der S47 Spindlersfeld – Hermannstraße erprobt. Im August konnte der Testlauf erfolgreich abgeschlossen werden und der Regelbetrieb begann.

Nachdem die neue S-Bahn bereits auf den Linien S46 (seit 27. Juni 2022) und S8 (seit 14. Oktober 2022) eingesetzt wurde, ist sie mit dem 11. Dezember 2022 auch auf den Ringbahnlinien S41 und S42 unterwegs, da die Hersteller Stadler und Siemens Mobility mit der Produktion schneller vorankamen als geplant.